管道内产生大量异养菌、铁细菌、硝化细菌、硫酸盐还原菌等细菌，导致管道内壁腐蚀，锈垢脱落，影响冷凝器换热；军团菌等细菌会在循环水中生长，对人的健康造成危害。

循环水中的钙镁离子在凝汽器换热过程中会随着水温的升高而形成水垢，附着在凝汽器铜管内壁，形成致密的水垢(主要是碳酸钙水垢)。水垢和污垢经常结合在一起，会引起或加重腐蚀，严重影响热交换。

因此，冷却循环水处理的主要任务是消除或减少结垢、腐蚀和生物粘泥的危害，以保证整个循环水系统的效率和使用寿命。由于空调冷却水系统的结垢、腐蚀、藻类生长不是短时间内形成的，短时间内不会对系统产生破坏性影响，所以往往得不到运行管理人员的足够重视。但“结垢、腐蚀、菌藻”是循环冷却水系统中不可忽视的问题。

循环水系统的清洗可分为物理清洗和化学清洗。物理清洗是清除机组内淤积的污泥，化学清洗是在整个冷却水系统正常运行时进行化学清洗。下面介绍冷却循环水系统的化学清洗流程:杀菌灭藻、泥渣剥离→酸洗除垢、中和排污→水洗→预挂膜→阻垢缓蚀、杀灭微生物等日常水处理。